นอกจากกระบวนการทางกายภาพแล้วยังมีการใช้สารเคมีบางชนิดเพื่อปกป้องอาหารจากการเกิดออกซิเดชั่นที่เกิดจาก ออกซิเจน, อุณหภูมิ, แสงหรือจุลินทรีย์. เพื่อชะลอการเน่าเสียของอาหารจึงมีการใช้สารเพื่อหยุดการเจริญเติบโตและการเพิ่มจำนวนของแบคทีเรีย ตัวอย่างเช่นสารดังกล่าวเป็นสารบำบัดผลไม้ที่ปกป้องผลไม้รสเปรี้ยวจากการเน่าเปื่อยและการโจมตีของเชื้อรา อย่างไรก็ตามปริมาณที่มากขึ้นทำให้เกิดผลเสีย สุขภาพ ผลกระทบในมนุษย์เช่นความผิดปกติของการเจริญเติบโตและภาวะเจริญพันธุ์ที่ลดลง
นอกจากฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียแล้ว กำมะถัน ไดออกไซด์และ ซัลไฟต์ ยังจัดแสดง สารต้านอนุมูลอิสระ, การยับยั้งเอนไซม์และผลการรักษาสีรวมทั้งการป้องกันการเน่าเสียของไขมัน การบริโภคที่เพิ่มขึ้นอาจทำให้เกิด อาการปวดหัว, โรคท้องร่วง และอาการแพ้ นอกจากนี้ กรดโฟลิค และวิตามินบี 1 อาจถูกทำลาย เช่น น้ำ- ละลายน้ำได้ วิตามินพวกมันไม่ทนต่อสารประกอบอัลคาไลน์ (ด่าง) และถูกทำลายไปแล้วในสภาพแวดล้อมที่เป็นกลางถึงด่างเล็กน้อย นอกจากนี้ยังมีความอ่อนไหวสูงด้วย ทองแดง. วิตามินบี 1 เป็นส่วนประกอบสำคัญของเอนไซม์คาร์บอกซิเลสและมีบทบาทสำคัญในการเผาผลาญคาร์โบไฮเดรต การขาดวิตามินนี้ในร่างกายทำให้เกิดการรบกวนในกระบวนการเผาผลาญที่สำคัญเนื่องจาก "กรดไพรูวิก" ที่เกิดจากการสลายคาร์โบไฮเดรตไม่สามารถแยกย่อยลงไปได้อีกเนื่องจากไม่มีวิตามินบี 1 ตัวกลางการเผาผลาญนี้สะสมอยู่ใน เลือด และเริ่มสร้างภาระให้กับร่างกายเหมือนยาพิษที่มีประสิทธิภาพ ส่งผลให้ส่วนกลาง ระบบประสาท (CNS), ระบบทางเดินอาหารและ หัวใจ กล้ามเนื้อได้รับผลกระทบโดยเฉพาะ
ในกรณีของปลากระป๋องอุณหภูมิสูงเวลาในการให้ความร้อนนานและการเติมสูง น้ำ ส่งผลให้สูญเสียสารอาหารและสารสำคัญอย่างมีนัยสำคัญ (มหภาคและจุลธาตุ) ซึ่งอาจสูงถึง 87% ปลากระป๋องสูญเสีย 70% ของ B วิตามิน และผัก 20-30% ของ วิตามิน. นอกจากนี้เกลือจำนวนมากและ น้ำตาล จะถูกเพิ่มเพื่อประมาณรสชาติของอาหารและเพื่อรักษาหรือยืดอายุการเก็บรักษา
