ไอโซฟลาโวนอยด์มีโครงสร้างโมเลกุลคล้ายกับสเตียรอยด์เอสโตรเจน (ฮอร์โมนเพศหญิง) จึงเรียกอีกอย่างว่า ไฟโตสเตอรอล. อย่างไรก็ตามการทำงานของฮอร์โมนของพวกมันจะลดลงโดยปัจจัย 100 ถึง 1,000 เมื่อเทียบกับเอสโตรเจนที่เกิดขึ้นในสิ่งมีชีวิตของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีคล้ายคลึงกับเพศหญิง ฮอร์โมน, คุณสมบัติคล้าย ที่กินเข้าไปพร้อมกับอาหารสามารถจับกับตัวรับเอสโตรเจนชนิดที่ 2 และปิดกั้นไม่ให้เอสโตรเจนจากภายนอกได้ ดังนั้น คุณสมบัติคล้าย ในสตรีวัยหมดประจำเดือนที่มีระดับฮอร์โมนเอสโตรเจนภายนอกร่างกายต่ำจะมีผลต่อฮอร์โมนเอสโตรเจนมากขึ้นในขณะที่ไอโซฟลาโวนในสตรีวัยก่อนหมดประจำเดือนจะมีฤทธิ์ต้านเอสโตรเจนโดยการปิดกั้นตัวรับฮอร์โมนเอสโตรเจน
