ต่อไปนี้เป็นโรคหรือภาวะแทรกซ้อนที่สำคัญที่สุดที่อาจเกิดจากโรคไข้สมองอักเสบญี่ปุ่น:
จิตใจ - ระบบประสาท (F00-F99; G00-G99)
- ความเสียหายทางระบบประสาทและ / หรือทางจิตเวชอย่างถาวรไม่ระบุรายละเอียด - ในมากกว่าครึ่งหนึ่งของกรณี
การตั้งครรภ์, การคลอดบุตรและ Puerperium (O00-O99)
- การแท้ง (แท้ง)