พื้นที่การรักษาระบบทางเดินอาหารโดยทั่วไป ได้แก่ :
- โรคกรดไหลย้อน
- แผลในกระเพาะอาหาร
- ตับแข็ง
- โรคดีซ่าน (เช่นในโรคตับอักเสบ)
- โรคลำไส้อักเสบเรื้อรัง (ulcerative colitis, Crohn's Disease)
- ความผิดปกติของการทำงานของระบบทางเดินอาหาร (เช่น ท้องอืด ลำไส้แปรปรวน)
- มะเร็งระบบทางเดินอาหาร (เช่น มะเร็งกระเพาะอาหาร มะเร็งลำไส้)
ในการวินิจฉัยโรคดังกล่าว แพทย์ระบบทางเดินอาหารใช้วิธีการตรวจต่างๆ เหนือสิ่งอื่นใด ได้แก่ การตรวจอัลตราซาวนด์ช่องท้อง ตลอดจนขั้นตอนการส่องกล้อง เช่น การส่องกล้องทางเดินอาหาร (gastroscopy) การส่องกล้องตรวจลำไส้ใหญ่ (colonoscopy) และการส่องกล้อง (laparoscopy) ขั้นตอนเล็กๆ น้อยๆ สามารถทำได้ในระหว่างการส่องกล้องหากจำเป็น ตัวอย่างเช่น แพทย์ระบบทางเดินอาหารสามารถเก็บตัวอย่างเนื้อเยื่อ (ชิ้นเนื้อ) เอาติ่งเนื้อในลำไส้ออก หรือขยายท่อน้ำดีที่ตีบตัน
